Původní kostel ze 14. století byl v závěru 17. století stržen a nahrazen raně barokní stavbou. Zachoval se dodnes s minimem změn. Dolní ratajský kostel vznikl zřejmě ve 14. století a fungoval souběžně s dnes již zaniklým horním kostelem sv. Mikuláše (u dnešního zámku). V letech 1675–1691 byl stržen a nákladem Maxmiliána z Talmberku nahrazen raně barokní stavbou podle projektu Ondřeje de Guarde. V 90. letech 20. století opraven včetně okolního hřbitova. Z původního kostela se zachovaly hrobky předchozích majitelů panství a druhotně osazená deska s erbem pánů z Lipé, viditelná na zdi hřbitova z hlavní ulice.